MPA能特异性地抑制淋巴细胞嘌呤从头合成途径中次黄嘌呤核苷酸脱氢酸(1MPDH)的活性,因而具有强大的抑制淋巴细胞增殖的作用,尤其对EB病毒诱导的B淋巴细胞母细胞转化抑制作用更强,但对其他快速分裂的细胞抑制作用较弱。MPA能抑制人T淋巴细胞对有丝分裂增殖反应,抑制人B淋巴细胞对T细胞依赖和T细胞非依赖性抗原的增殖反应,抑制美洲商陆抗原诱导B细胞多克隆抗体的产生,抑制记忆B细胞参与的抗破伤风类毒素IgG抗体的产生。MPA对白细胞-内皮细胞间的相互作用也有影响,能使T细胞与内皮细胞间的黏附力下降,不能穿过内皮达到炎症局部,因而具有潜在的浸润阻断活性。在动物模型中,MPA能明显抑制Th2型细胞因子的表达,而对Th1型细胞因子的表达则不影响。